Émile-Edmond de Cointet est né à Dijon le 28 juin 1868, issu d’une famille de militaires d’ancienne noblesse, originaire du Nivernais ; il est l’aîné des trois fils du capitaine Édouard-Henri, baron de Cointet de Fillain (1830-1917) et de Renée Mairet. Émile entre à Saint-Cyr puis suit l’école d’application de cavalerie de Saumur d’où il sort sous-lieutenant (9e sur 81). Entre 1889 et 1896, il effectue plusieurs missions de maintien de l’ordre en Algérie et à Madagascar.
Émile de Cointet est promu capitaine en 1896. Dans le cadre de l’exploration de l’Afrique centrale, il est affecté à la mission Émile Gentil chargée de converger du Congo vers le lac Tchad parallèlement aux missions Foureau-Lamy, venant d’Algérie à travers le Sahara, et Voulet-Chanoine venant du fleuve Niger.
Fin 1899, remontant du Gabon vers le Tchad, la mission Gentil attaque à Kouno le chef Rabah, négociant esclavagiste et sultan autoproclamé, qui est en conflit ouvert avec les Français depuis 1897. Les Français sont repoussés avec des pertes. C’est un échec, mais les trois missions se rejoignent. Les lettres que le capitaine écrit à sa famille pendant cette campagne révèlent, au regard de documents officiels froids et arrangés, ce que fut la réalité de cette mission ; elles sont de précieux témoins de la conquête du Tchad. Le capitaine de Cointet est nommé chevalier de la Légion d’honneur.
À Kousseri, le 22 avril 1900, les 1 300 soldats des trois missions réunies sous les ordres du commandant Lamy affrontent Rabah dans son camp de Lahkta. Le commandant Lamy et le capitaine de Cointet à la tête de sa compagnie de tirailleurs sont tués lors d’une violente contre-attaque. Mais la mort de Rabah met fin à sa domination sur le pays et permet d’agréger le Tchad à l’Empire français. La capitale de la région devint pour un temps Fort-Lamy (actuelle N’Djamena) et Mandjalfa (actuel Mogroum), dernier campement du capitaine de Cointet, prit son nom.
Émile-Edmond de Cointet de Filain, Vers le Tchad avec la mission Gentil 1899-1900 : lettres du Congo et du Chari, Mémoires d'Hommes, 1997, 208 p. ; - Yves Boulvert, « Émile-Edmond de Cointet (Capitaine) (1868-1900), un destin militaire brisé à 31 ans », Hommes et destins, Académie des Sciences d'Outre-Mer/L'Harmattan, 2011, p. 187-190.