Charles naît le 30 août 1816 à Saint-Parize-le-Châtel. Son père, Albert de Bouillé, s’est marié avec Rosalie Pierrette Adelaïde de Forestier dont la famille possède le domaine de Villars. Le vicomte Albert de Bouillé est un fervent légitimiste, titulaire de mandats locaux et créateur d’éphémères journaux légitimistes. Il est également membre de la Société d’agriculture de la Nièvre.
Son fils, le comte Charles de Bouillé, hérite d’une situation familiale privilégiée. Il poursuit le travail de son père en faisant du domaine de Villars un des centres majeurs de l’agriculture et surtout de l’élevage nivernais au XIXe siècle. Comme lui, il va s’impliquer au sein du monde professionnel agricole, au niveau départemental et national : membre, puis vice-président et enfin président de la Société d’agriculture de la Nièvre (1869-1889) ; membre de la Société hippique de la Nièvre ; secrétaire du Comice agricole de l’arrondissement de Nevers ; président du Herd-book charolais (1869-1889) et membre de la Société des agriculteurs de France. Charles de Bouillé obtient un nombre considérable de prix et de médailles lors de concours agricoles en France. Le concours international de Poissy le récompense notamment pour son élevage de charolais mais surtout pour son élevage de moutons southdown. Les titres de chevalier (1856) puis d’officier de la Légion d’honneur (1867) récompensent d’ailleurs les mérites de cet agriculteur-éleveur.
Charles de Bouillé entre en politique en étant élu conseiller municipal de Saint-Parize-le-Châtel en 1843, fonction qu’il occupe jusqu’à sa mort. Lors du scrutin du 8 février 1871, il est élu membre de l’Assemblée nationale où il s’occupe plus particulièrement des questions agricoles. Lors des premières élections sénatoriales de janvier 1876, il est élu sous la bannière des légitimistes . Au renouvellement de janvier 1879, il est battu de justesse. Poursuivant son action au sein de la droite légitimiste, il est l’un des membres fondateurs du journal Le Moniteur de la Nièvre. Lors des élections législatives d’octobre 1885, il est battu au second tour. Il décède le 8 juillet 1889 en son château de Villars.