La remise en cause de l’Édit d’Amboise de 1563, qui était censé offrir la liberté de culte, et la rivalité entre différentes factions autour du roi et de sa mère sont à l’origine d’une situation tendue dans le royaume. Les hostilités sont relancées en septembre 1567, après la tentative manquée du prince de Condé de s’emparer de la famille royale. À la suite de campagnes militaires incertaines menées dans la région parisienne, les armées protestantes se replient vers la Bourgogne. Les bourgs de Cravant, Irancy, Coulanges-la-Vineuse sont les premiers ravagés et, le samedi 27 septembre 1567, « les gens de la Religion pretendue reformée » s’emparent de la ville d’Auxerre, où ils tiennent garnison jusqu’en avril 1568. Les monuments religieux, les maisons canoniales, les monastères sont saccagés. La cathédrale est très éprouvée, perdant une grande partie de son décor intérieur, en particulier la statuaire, les verrières et les châsses reliquaires.

Jean Lebeuf, Histoire de la prise d’Auxerre par les Huguenots et la délivrance de la même ville les années 1567 et 1568, Auxerre, 1723 ; rééd. La Ferté-sous-Jouarre, Geda, 2004, 293 p.