Le journal naît sous ce titre le 31 août 1868, de la fusion de L’Impartial bourguignon (né du Moniteur de la Côte-d’Or fondé en 1854) et de L’Union bourguignonne (née de L’Union provinciale, journal fondé en 1849). Vice-doyen de la presse quotidienne française, Le Bien Public est l’œuvre initiale d’Eugène Jobard, du baron Paul Thénard et d’Hippolyte Marinoni. Il est installé rue Docteur-Maret et place Darcy jusqu’en 1972 où il s’établit boulevard Chanoine-Kir. Le 15 juin 1940, il se « saborde » pour ne pas paraître sous contrôle allemand. Il renaît le 12 septembre 1944.

Le Bien Public est très proche du Courrier de Saône-et-Loire, le quotidien chalonnais. Il s’associe temporairement avec son concurrent dijonnais Les Dépêches (ex Bourgogne Républicaine) en novembre 1966 pour créer un journal du dimanche, face à cette initiative prise en Côte-d’Or par Le Progrès (Lyon). L’Est Républicain (Nancy) se rapproche de la presse dijonnaise et prend le contrôle des Dépêches. La famille Thénard cède 40 % du capital du Bien Public à la Compagnie luxembourgeoise de Télédiffusion (RTL). Le Groupe Hersant (Le Figaro, France-Soir, une partie de la presse régionale) acquiert Les Dépêches (février 1989) puis Le Bien Public (mars 1991) et fusionne les deux titres au bénéfice du Bien Public. Cela évolue très vite dans la presse de tout l’Est de la France avec d’incessants changements et des interférences multimédia, télévision, publicité, etc.

En 2017, Le Bien Public fait partie du groupe EBRA (Est Bourgogne Rhône Alpes), premier groupe de la presse quotidienne régionale, avec L’Est Républicain, Les Dernières Nouvelles d’Alsace, Le Progrès, Le Dauphiné Libéré etc. créé en 2006 et dont l’unique propriétaire est depuis septembre 2009 la Banque fédérative du Crédit Mutuel. Essentiellement diffusé en Côte-d’Or, Le Bien Public dispose de trois agences à Beaune, Montbard et Châtillon-sur-Seine. Diffusion en 2017 : 37 000 exemplaires, 160 000 lecteurs dont 50 % d’abonnés portés et 9 % d’abonnés postés.