En 1568 la seconde guerre de religion s’achève par la paix de Longjumeau (23 mars 1568), la troisième s’ouvre après la promul-gation des ordon-nances de Saint-Maur qui annulent la paix de Longjumeau et interdisent le culte protestant dans le royaume (23 septembre 1568). La paix, fragile, avait été sans cesse menacée par nombre de troubles (dans l’Auxerrois et en Mâconnais notamment).
Le nord-ouest de la Bourgogne où avaient eu lieu d’importants combats (voir Célébrations 2017), et des massacres (Irancy, 7 février) reste un point d’ancrage des protestants grâce aux châteaux de Noyers-sur-Serein (où était retranché Louis 1er de Condé avec 200 hommes) et de Tanlay appartenant à François de Coligny d’Andelot, qui y fit d’importants travaux entre 1550 et 1569, où réside son frère, l’amiral Gaspard de Coligny. Des réunions des chefs protestants se seraient tenues dans la tour de la Ligue au célèbre décor de fresques.
Le lieutenant général du roi en Bourgogne, Gaspard de Saulx-Tavannes, reçut l’ordre de contrôler les deux résidences. Il avertit les deux chefs protestants qui, se jugeant menacés, décidèrent le 23 août de quitter la Bourgogne et de se réfugier à La Rochelle (septembre 1568). Saulx-Tavannes les poursuivit en vain, mit le siège devant Noyers et son château qu’il prit le 2 novembre après un siège d’un peu plus d’un mois. Le château fut dévasté avant d’être repris quelques semaines plus tard par les partisans de Condé qui le reperdirent avant la fin de l’année.
Arlette Jouanna, La France du XVIe siècle (1483-1598), PUF, 2012, p. 445-459 ; - Ernest Petit, « Noyers au XVIe siècle : les Condé à Noyers », Annuaire historique du département de l’Yonne, 1881 , 3e part., p. 145-185, pl. ; - Fabrice Cayot, dir., Noyers : « le plus bel chastel du royaume », 1 : étude archéologique et historique, Chagny, Centre de castellologie de Bourgogne, 2013, 387 p., ill.